「財形年金貯蓄」では、積立期間終了、受取り（年金支払い）開始時に利子等への非課税適用のために必要な手続きがあります。
積立期間を終了したときは、積立期間の末日から2ヵ月以内に「財形年金貯蓄の非課税適用確認申告書」を事業主経由で金融機関に提出します（退職後であれば、直接本人が提出）。提出がなかった場合は、2ヵ月経過日以降、利子等は課税扱いとなります。
また、年金受取り（支払い開始）前には、「年金額申告書」（年金額を確定するため）、および受取り口座を指定するための書類を金融機関に提出する必要があります。